Per quanto riguarda i voli intercontinentali è stata creata presso il Terminal 1 dell' aeroporto malpensa un apposita area per voli U.S.A. ed Israele.
Controlli e sicurezza.
Al fine di agevolare e consentire lo svolgimento delle procedure di sicurezza per il controllo dei passeggeri e del bagaglio a mano dei viaggiatori in possesso dei biglietti aerei, si consiglia di presentarsi all'
Aeroporto Malpensa con sufficiente anticipo rispetto all'orario prefissato di partenza. Inoltre tenuto conto di motivi per la gestione della sicurezza le autorità hanno disposto, il riscontro dell'identità del passeggero con la carta di imbarco previo controllo dei documenti.
Estensione.
Complessivamente la superficie aeroportuale occupa circa 10 chilometri quadrati. Per l' atterraggio e il decollo dei veivoli esistono nell' Aeroporto Malpensa due piste parallele, lunghe entrambe 3 920 metri e larghe 60, orientate a 349 gradi oppure a 169 gradi, a seconda della direzione di utilizzo, la 17L, 35L e la 35R sono dotate di ILS e tutte hanno il sistema PAPI. Generalmente per le operazioni di servizio vengono utilizzate le due piste orientate a 349 gradi, alternativamente per le partenze e gli arrivi, mentre le testate 17 sono attive solo in caso di condizioni meteo di vento particolarmente sfavorevole o quando non sono presenti aerei in atterraggio. Il traffico aereo nelle aree di manovra dell' aeroporto, viene assistito dal personale dei controllori di volo.
Aerostazione.
La struttura dell'Aeroporto Malpensa è costituita da due terminal separati, il Terminal 1 dedicato a tutti i voli intercontinentali, internazionali e nazionali, e il Terminal 2 dedicato esclusivamente al traffico charter e low-cost. Il Terminal 1, inaugurato nel 1998, è a sua volta composto da 3 satelliti: il satellite A è dedicato ai voli dell'area "Schengen" , sat. B per i voli verso destinazioni "Extra-Schengen" e il satellite C per le compagnie aeree che effettuano voli con l'A380 , verso Dubai , New York e voli dei vettori sensibili. Il Terminal 2 dell' Aeroporto Malpensa viene quasi esclusivamente dedicato al traffico aereo charter e low cost, in modo particolare dalla compagnia aerea EasyJet. Il Deposito Bagagli e Guardaroba dell'Aeroporto Malpensa si trova al piano terra T, arrivi B nella zona pubblica del Terminal 1, mentre l'Agenzia Forexchange per il cambio valuta è presente in diversi punti sia nel Terminal 1 che nel Terminal 2.
Il servizio taxi è presente presso entrambi i terminal, Al Terminal 1 si trova anche un servizio di limousine.
Autonoleggio.
Per il noleggio auto al piano interrato -1 del Terminal 1 dell'
Aeroporto Malpensa sono presenti diverse compagnie per il noleggio di autovetture come , Hertz, Avis, EasyCar, Europcar, Maggiore, Targa Rent, Locauto Rent, Thrifty-Italy By Car e Auto Europa. Il noleggio di autovetture con autista viene svolto dalle seguenti compagnie, ALA Limousine Ass., CTM, Promoter e Fly Business Center.
Terminal
Attualmente la società che gestisce i servizi aeroportuali dei due terminal di Malpensa è la Sea. Generalmente il Terminal 2 che corrisponde alla vecchia aerostazione viene impiegato per il traffico aereo charter e low-cost, mentre il Terminal 1 viene utilizzato per consentire gli arrivi e le partenze dei voli di linea nazionali, internazionali e intercontinentali. I servizi di bus navetta e treni consentono collegamenti con entrambi gli scali. Nelle immediate vicinanze si trova anche lo scalo malpensa cargo o cargo city favorito dal posizionamento geografico strategico per le merci in arrivo e in partenza.
Parcheggi.
Per quanto riguarda i parcheggi il sistema Park&Fly
aeroporto malpensa consente la sosta di circa 9.000 posti auto garantendo in questo modo una adeguata disponibilità. In particolare i parcheggi aeroporto malpensa si trovano dentro l' area aeroportuale e pertanto vicinissimi all' aerostazione garantendo una comoda soluzione per lasciare il veicolo in una zona di sosta durante un viaggio. La nuova disposizione delle aree per la sosta dei veicoli individua diverse zone adibite a parcheggio per molteplici soluzioni di viaggio.
Treni e Autobus.
I collegamenti con il centro di milano viene garantito mediante i Treni Malpensa Express, con partenze dalla stazioni di Cadorna, Porta Garibaldi e Centrale.
Inoltre un ampio servizio di autobus di linea collega l'aeroporto alla Stazione di Milano Centrale. L'aeroporto è collegato con l'Aeroporto di Linate e con l'Aeroporto Orio al Serio di Bergamo tramite autobus di linea extraurbani, servizi dedicati lo collegano con le principali città del nord Italia e con il Canton Ticino con Lugano e Mendrisio in Svizzera. Voli di linea diretti collegano lo scalo aeroportuale anche con l' aeroporto di Fiumicino.

Satellite C.
Dal gennaio 2013 all'
Aeroporto Malpensa di Milano è in funzione per i viaggiatori il nuovo satellite C , che rapresenta il naturale prolugamento verso Nord dell'aerostazione, con soluzioni particolari , come la presenza di 2 fingers rialzabili, per poter imbarcare direttamente dalla lounge i passeggeri di Business class sui nuovi Airbus 380 nel piano superiore. I banchi disponibili per il check-in saranno aumentati di circa 40 o 70 unità a seconda delle necessità richieste dalle compagnie che operano dall' Aeroporto Malpensa. La superficie di circa cento mila metri quadrati, presenta i pavimenti in marmo e pareti modulari. Il progetto architettonico è stato realizzato da Gregorio Caccia Dominioni. All'interno del terzo satellite è allestita la maxi-sala vip della compagnia aerea Emirates che consente ai viaggiatori Emirates di classe business e di prima classe di imbarcarsi direttamente, senza passare dal gate. Con l' entrata in funzione del terzo satellite C , tutti i voli extra-europei passeranno alla nuova struttura, con un sistema di smistamento e riconsegna dei bagagli, velocizzato e organizzato per massimizzare il comfort dei passeggeri. In occasione dell' evento Expo 2015 sono stati ultimati i lavori in nota all'
Aeroporto Malpensa per la realizzazione del collegamento ferroviario diretto tra il terminal 1 di Malpensa con il terminal 2, con circa quattro chilometri di strada ferrata.